2009年11月11日，东莞理工学院作为东莞市唯一的理工科本科院校向教育部高教司呈报关于开展卓越工程师培养计划试点工作的报告。2010年6月13日，教育部发文批准第一批“卓越工程师教育培养计划”高校名单，东莞理工学院成为第一批卓越工程师教育培养计划”高校（第一批入选的广东高校仅有华南理工大学、汕头大学和东莞理工学院）。2011年7月，应用化学（化学工程与工艺）、电子信息工程、机械设计制造及其自动化、软件工程4个专业招收“卓越计划班”，共119人。
2010年6月13日，教育部发文批准第一批“卓越工程师教育培养计划”高校名单，东莞理工学院入选