从2006年起，东莞理工学院开始联合华南理工大学、暨南大学、华中科技大学、广东工业大学等联合培养硕士研究生，有68名教师获聘为研究生导师，联合培养研究生累计达200人，积累了较为丰富的研究生培养经验。
暨南大学与我院签订协议，双方将联合开展研究生培养工作，图为院长杨晓西与暨南大学校长胡军签订合作协议
暨南大学与我院签订协议，双方将联合开展研究生培养工作，图为出席嘉宾合影留念
      2009年，国务院学位办给予广东省新增“两博一硕”授予单位的指标。凭借着自身实力，东莞理工学院最终被确定我省三所立项建设的新增硕士学位授予单位之一。2010年8月26日，广东省学位委员会、广东省教育厅联合发文《关于印发广东省2008—2015年新增博士、硕士学位授予单位立项建设规划的通知》，确定东莞理工学院为广东省2008—2015年拟申报新增硕士授予单位（立项建设），电子科学与技术、化学工程与技术两个专业为拟申报新增硕士授权学科专业。这是学校在学科建设工作上的重大突破，也是重大机遇与挑战。